<div dir="ltr">Please find attached the PDB files. The first one is the monomer/ligand PDB file, the second is the homodimer PDB file, the last one is the PDB file saved by chimera. Thank you. Have a good night.</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Nov 25, 2019 at 5:18 PM Rui Chen <<a href="mailto:rchen6@ualberta.ca">rchen6@ualberta.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>I docked a ligand into a monomer, now I want to save a new pdb file. In the new pdb file, chian A will be docked monomer, chain B will be the chain B of homodimer. I already superimposed the two PDB files and deleted chain A of homodimer. I also used change chain ID to add chain IDs to the combined PDB file. However I got the following problems:</div><div>1. In my system, there are glycans (residue name: 0YB), <b>I cannot add chain ID to the glycans</b> (residue 209-216 belongs to chain A, residue 425-432 belongs to chain B)</div><div>2. In my system, I also have a small molecule docked in chain A, I realized only <b>the last line of the ligand was given a chain ID "h"</b>, is this a problem?</div><div>3. I want to <b>save these two PDB files as two chains, not two models</b> (actually it's a homodimer except for the ligand)</div><div>4. Can I manually <b>delete all the connections</b>?</div><div><br></div><div>Looking forward to your reply.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Rui</div><div><br></div></div>
</blockquote></div>