<div dir="ltr">Hello, <div><br></div><div>I docked a ligand into a monomer, now I want to save a new pdb file. In the new pdb file, chian A will be docked monomer, chain B will be the chain B of homodimer. I already superimposed the two PDB files and deleted chain A of homodimer. I also used change chain ID to add chain IDs to the combined PDB file. However I got the following problems:</div><div>1. In my system, there are glycans (residue name: 0YB), <b>I cannot add chain ID to the glycans</b> (residue 209-216 belongs to chain A, residue 425-432 belongs to chain B)</div><div>2. In my system, I also have a small molecule docked in chain A, I realized only <b>the last line of the ligand was given a chain ID "h"</b>, is this a problem?</div><div>3. I want to <b>save these two PDB files as two chains, not two models</b> (actually it's a homodimer except for the ligand)</div><div>4. Can I manually <b>delete all the connections</b>?</div><div><br></div><div>Looking forward to your reply.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Rui</div><div><br></div></div>