<div dir="ltr">Dear Chimera,<div><br></div><div>I have been facing a problem recently while using UCSF Chimera. After opening the structure of ligands in the chimera window as .pdb file, when ever I am trying to minimize the energy (Tools-->Structure Editing-->Minimize Structure) of that ligand in (which is in .pdb form), I am getting the following error message: "Failure running ANTECHAMBER for residue". I am using "AMBER ff14SB" (for standard residues) and "Gasteiger" (for other non-standard residues). <br><br>Upon trying out with "AM1-BCC"¬†

(for other non-standard residues), I am getting an altered compound so that cannot be perhaps tried.<br><br>Kindly find attached the .pdb files for the ligands I am trying to minimize the energy, and a word file containing the screen shots of the step-by-step messages leading to the error message that I am getting.<br><br>I will be highly grateful if you can help me in sorting out the problem.<br><br>Thanks in advance,<br><br>Best Regards,</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="garamond, serif" size="2"><b>Prabuddha Bhattacharya¬†</b></font></div><div><font face="garamond, serif" size="2"><b>Assistant Professor</b></font></div><div><font face="garamond, serif" size="2"><b>Adamas University</b></font></div><div><font face="garamond, serif"><b>Kolkata 700126</b></font></div><div><font face="garamond, serif"><b>India</b></font></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>