<div dir="ltr">Thank you very much Dr. Elaine and the Chimera work group, now I have a better picture of what I have to do.<br><br>Thank you for guiding me in this part,<br><br>I appreciate it<br><br>Best regards,<br><br>Fer<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="text-align:center"><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div style="text-align:center"><i style="color:rgb(0,0,255);font-size:small"><font face="arial narrow, sans-serif"><br></font></i></div><div style="text-align:center"><font face="arial narrow, sans-serif">ATTE</font></div><div style="text-align:center"><font face="arial narrow, sans-serif">Fernando Villa Díaz</font></div><div style="text-align:center"><font face="monospace, monospace"><br></font></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El jue., 12 de sep. de 2019 a la(s) 10:02, Elaine Meng (<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Fernando,<br>
An important thing to understand is that the color is changed gradually from red to white, and gradually from white to blue.  So there is a lot of surface coloring that is “between” red and white, and between white and blue.  Only the surface points with values   -10 or lower are actually red, and those with 10 or higher are actually blue.  It is unclear exactly what quantity you want to measure.<br>
<br>
There is no simple feature like a command to do it. You would have to use python scripting, but somebody else would have to advise on any details of that.  Also, first think carefully about what you really want to measure.  <br>
<br>
This electrostatic surface coloring is really meant for visualization, comparison “by eye.”  For quantitative analyses, maybe the two websites I mentioned earlier would be better tools.<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Sep 11, 2019, at 7:27 PM, Fernando Villa <<a href="mailto:fer.vdl1928@gmail.com" target="_blank">fer.vdl1928@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear all Chimera users<br>
> <br>
> In UCSF ChimeraX version 0.91 (2019-08-30)<br>
> I opened a .pqr file (generated with pdb2pqr in Chimera 1.14)  and then I opened a .dx file (generated with APBS in Chimera 1.14)<br>
> <br>
> Then I input the commands:<br>
> <br>
> >surface<br>
> >color electrostatic #1 map #2 palette -10,red:0,white:10,blue<br>
> <br>
> <image.png><br>
> Is it possible to calculate the red and blue area in Å2 of the molecule?<br>
> <br>
> Best regards,<br>
> <br>
> Fernando<br>
<br>
</blockquote></div>