<div dir="auto">Thank you for the information! But I think you don't understand what I mean my problem is that in ligand preparation the initial structure of ligand differs from the minimized one .. and that affects the docking result .. <div dir="auto"><br><div data-smartmail="gmail_signature" dir="auto">Mohamed Said Hegazy </div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 30, 2019, 10:51 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Mohamed Hegazy,<br>
Autodock Vina is a separate program (not inside Chimera) and you should check its website for more information about how it works:<br>
<<a href="http://vina.scripps.edu/" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://vina.scripps.edu/</a>><br>
<br>
The Chimera tool named “Autodock Vina” just connects to an outside web service that is running Autodock Vina.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/vina/vina.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/vina/vina.html</a>> <br>
<br>
This web service is a shared resource and does not allow very much sampling of space, and it only allows docking one small molecule at a time. Therefore, as mentioned in the help page linked above, we do not recommend using it for most research purposes. <br>
<br>
If you want to do better (more intensive) sampling of space, and/or dock a lot of small molecules to compare to each other, you should download Autodock Vina from the website above and run Autodock Vina directly.<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jul 30, 2019, at 10:50 AM, Mohamed Hegazy <<a href="mailto:mohamedhegazy219427@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">mohamedhegazy219427@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hey ,<br>
>           My name is Mohamed Hegazy, beginner in molecular docking  , recently I performed a molecular docking procedure using chimera and  I found that the initial structure of the ligand differs from the minimized one , and the binding score for a ligand would change during my different runs. The binding score you obtain from my docking cannot be a constant number. <br>
<br>
</blockquote></div>