<div dir="ltr"><div>This is exactly what I was looking for. Thank you for the help.</div><div><br></div><div>Josh<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jul 26, 2019 at 7:54 AM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Josh,<br>
I guess you mean actually changing the 3D structure.  Yes, you can “swap” amino acids by replacing side chains with the Rotamers tool (menu: Tools.. Structure Editing… Rotamers) or the “swapaa” command.  This only does a simple replacement; it does not predict any large/overall changes in the structure.<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/framerot.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/rotamers/framerot.html</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/swapaa.html</a>><br>
<br>
There is an example of using Rotamers in the Structure Analysis and Comparison tutorial.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/squalene.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/squalene.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jul 25, 2019, at 2:00 PM, Joshua Plank <<a href="mailto:jplan002@ucr.edu" target="_blank">jplan002@ucr.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi,<br>
> I am wondering if it is possible to edit the amino acid sequence somehow? I have a .pdb file of the protein I'm interested in, but would like to change two of the amino acids to something else. Is this possible?<br>
> thanks,<br>
> Josh<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><i>Joshua Plank</i><div><i>PhD Student</i></div><div><i>Department of Electrical and Computer Engineering</i></div><div><i>University of California, Riverside</i></div><div><i>email: <a href="mailto:jplan002@ucr.edu" target="_blank">jplan002@ucr.edu</a></i></div><div><i>phone: 505-977-9919</i></div></div></div>