<div dir="ltr">Hi <div dir="auto">I superimposed two proteins in chimera with winch algorithms( blossom62) and p250. The result is the same. Why is the result same for both two proteins, although I tried two different algorithm settings? <span style="font-family:calibri,helvetica,sans-serif;font-size:16px">I  am using the chimera's MatchMaker tool. The only thing different is the sequence alignment score. I attached the result file.</span></div><div dir="auto"><span style="font-family:calibri,helvetica,sans-serif;font-size:16px"><br></span></div><div><span style="font-family:calibri,helvetica,sans-serif;font-size:16px">kind regards</span></div></div>