
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Dear Chimera Support</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

I am a developer of consurf (<a href="http://consurf.tau.ac.il/">http://consurf.tau.ac.il/</a>) for displaying evolutionary conservation of amino/nucleic acid positions in a protein/DNA.</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Till now we have been working with PDB files and inserting the coloring values in the b-factor (temperature) field in the ATOM part.</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

In the chimera script we use the color commands:</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">color CONS1 @/bfactor=1</span></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<div>color CONS2 @/bfactor=2<br>

</div>

<span style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">color CONS3 @/bfactor=3</span><br>

</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

<span style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">...</span></div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Now we wish to start using mmCIF files. Where should we insert the coloring values in the mmCIF file, and how do we reference then with the chimera commands ?</div>

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Best <br>

Josef</div>

</body>

</html>