<div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Elaine,<div><br></div><div>Thanks for the suggestion. </div><div>I reinstalled the headless version (1.13) just to make sure that the previous installation (version 1.11) is not causing any problem. However, the waters still changed color to magenta. I could not find any clue where exactly it went wrong. </div><div><br></div><div>Anyway, as per the suggestion, I added two lines, as follows: <br></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">color red :WAT & O</span><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">color white :WAT & H</font></div></div><div><br></div><div>and the problem is solved !!! </div><div>Thanks again.<br></div><div><br></div><div>Joshi</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Apr 19, 2019 at 11:06 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Joshi,<br>
I have absolutely no idea why the waters would be a different color using the headless version vs. the GUI version.  I.e. even if you used the same version  number in both cases I would expect the same colors at the end of executing the same script.<br>
<br>
However, without understanding the problem, you could try just adding another command to make sure the waters are colored the way you want, e.g.<br>
<br>
color byatom :wat<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Apr 18, 2019, at 11:52 PM, Dhananjay <<a href="mailto:dhananjay.c.joshi@gmail.com" target="_blank">dhananjay.c.joshi@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear users,<br>
> I opened my reference pdb (ref_conf.pdb) and oriented (using ref_conf.mat) as I needed. Next, I opened another pdb (conf_1.pdb) and aligned to the reference with respect to residues 1-110. Then I deleted the reference pdb and hide all the atoms. Nest, I display waters and the atoms of residue 73 and 145 (as I wanted to show). The image is then saved. All the commands that I used are put in <a href="http://test.com" rel="noreferrer" target="_blank">test.com</a> file, as follows:<br>
> <br>
> open ref_conf.pdb<br>
> matrixset ref_conf.mat<br>
> open pdb/conf_1.pdb<br>
> mm #0:1-110 #1:1-110<br>
> delet #0<br>
> ~display #1 @<br>
> display :WAT<br>
> display :73@<br>
> display :145@<br>
> color magenta,r helix; color yellow,r strand; color gray,r, coil<br>
> copy file temp2png.png png width 1200 height 1000<br>
> stop<br>
> <br>
> I run the following command:<br>
> chimera  <a href="http://test1.com" rel="noreferrer" target="_blank">test1.com</a><br>
> <br>
> When I used with GUI version 1.11 (build 41141) of Chimera, everything goes well and the saved png is exactly as I wanted.  <br>
> However, when I used the headless version (version 1.13.1 (build 41965) ) the waters' color changed to magenta. <br>
> I don't know why the color of waters changed and does not remained as default colors (i.e. red for oxygen and white for hydrogens). <br>
> <br>
> Am I missing something in the above script or this is a bug with headless version? <br>
> Thanks.<br>
> Joshi<br>
<br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature">--------------------------------------------------------------<br>Dhananjay  Joshi<br>TIGP Graduate Student<br>Institute of Biological Chemistry<br>Academia Sinica, Taipei-115, Taiwan<br>--------------------------------------------------------------</div>