<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear users,</div><div><br></div><div>I opened my reference pdb (<span style="font-family:monospace,monospace">ref_conf.pdb</span>) and oriented (using <span style="font-family:monospace,monospace">ref_conf.mat</span>) as I needed. Next, I opened another pdb (<span style="font-family:monospace,monospace">conf_1.pdb</span>) and aligned to the reference with respect to residues 1-110. Then I deleted the reference pdb and hide all the atoms. Nest, I display waters and the atoms of residue 73 and 145 (as I wanted to show). The image is then saved. All the commands that I used are put in <a href="http://test.com">test.com</a> file, as follows:</div><div><br></div><div><span style="font-family:monospace,monospace">open ref_conf.pdb<br>matrixset ref_conf.mat<br>open pdb/conf_1.pdb<br>mm #0:1-110 #1:1-110<br>delet #0<br>~display #1 @<br>display :WAT<br>display :73@<br>display :145@<br>color magenta,r helix; color yellow,r strand; color gray,r, coil<br>copy file temp2png.png png width 1200 height 1000<br>stop</span></div><div><br></div><div>I run the following command:</div><div>chimera  <a href="http://test1.com">test1.com</a></div><div><br></div><div>When I used with GUI version 1.11 (build 41141) of Chimera, everything goes well and the saved png is exactly as I wanted.  <br></div><div>However, when I used the headless version (version 1.13.1 (build 41965) ) the waters' color changed to magenta. </div><div></div><div></div><div>I don't know why the color of waters changed and does not remained as default colors (i.e. red for oxygen and white for hydrogens). <br></div><div><br></div><div>Am I missing something in the above script or this is a bug with headless version? <br></div><div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>Joshi<br></div><div><br></div></div></div></div></div>