<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
</head>
<body dir="ltr">
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">
Hi,
<div><br>
</div>
<div>I want to get rmsd of an interface (constituted by 4 chains in heterotetramer protein) in bound and unbound conformations. so far I am trying to do this by using 'rmsd' command, but i am not sure if its the c-alfa or backbone or the full rmsd.<span style="font-size: 12pt;"> I
 get a different rmsd value when I just open the sequences, perform structure </span><span style="font-size: 12pt;">association and then select sequence to get rmsd. </span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;">Is there a command to select residues of different chains (the quaternary interface in my case) and perform either backbone or full rmsd???</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;">thanks a lot.</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;">best,</span></div>
<div><span style="font-size: 12pt;">arvind.</span></div>
</div>
</body>
</html>