<div dir="ltr">I have a cryo-EM map that I want to segment. I have structures surrounding the density of interest from all sides. I did a molmap in chimera and subtracted everything the molmap. I then cleaned the excess density around my protein using volume eraser. <div><br></div><div> Now the map that I get opens fine in Chimera. But I tried to open a model and my density in Coot, the screenshot is what I got:</div><div><br></div><div>1) the structure is not fitted</div><div>2) the density appears to have multiple copies of my proteins, it's supposed to be only one unit there</div><div><br></div><div>What is wrong here exactly, I'm suspecting it's the volume eraser! Is there a better way to segment the density given how I have atomic models for all the surrounding densities, but not the density of interest? </div><div><br></div><div>Regards. </div></div>