<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#000000">Greetings,</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#000000">I want to write a script that will read a protein-ligand complex, will find all residues with alternative protonation states within a radius from the ligand, and will write to separate pdb files all combinations of alternative protonations or the protein's binding site. Is this possible in Chimera? I saw at the documentation of addh command that there is not a way to specify explicitly which residues to protonate and how (e.g. I can protonate all ASP to ASH but not ASP34 to ASH34 and keep ASP52 as it is).</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#000000"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#000000">Thanks in advance.</div><div class="gmail_default" style="font-size:large;color:#000000">Thomas </div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>


        
        
        
        

<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font size="2">======================================================================</font></span></span></p>
<p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font size="2">Dr Thomas Evangelidis</font></span></span></p><p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Research Scientist</span></p><p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><a href="https://www.uochb.cz/web/structure/31.html?lang=en" target="_blank">IOCB - Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences</a></span></p><font size="2"><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><div>Prague, Czech Republic</div><div>  & </div></font></div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://www.ceitec.eu/" target="_blank">CEITEC - Central European Institute of Technology</a></font><br><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Brno, Czech Republic </font></font></div><div><font size="2"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></font></div><div dir="ltr"><p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font size="2">email: </font></span></span><a href="mailto:tevang3@gmail.com" style="font-size:small;font-family:arial,helvetica,sans-serif" target="_blank">tevang3@gmail.com</a></p><p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><font size="2">website:
<a href="https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/" target="_blank">https://sites.google.com/site/thomasevangelidishomepage/</a></font></span></span></p><span style="color:rgb(0,0,0)"><br><br></span><p style="margin-bottom:0cm" align="LEFT">
</p>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>