<div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Hello-</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I have been trying to perform a docking search for small molecule binding to a B-DNA double helix (e.g. 1ZFH). Unfortunately, when I set up the ligand and receptor, I receive the following error:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">IndexError: list index out of range</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Receptor preparation for AutoDock Vina failed; please look in Reply Log to see error messages.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">cannot prepare receptor for AutoDock Vina; please look in Reply Log and/or run Chimera with --debug flag to see errors.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I am not sure what I can do to address this, but I have tried multiple DNA structures and the result appears to be the same. </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I have also encountered this error which I could not resolve either:</font></div><div><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">ValueError: Could not find atomic number for Ha Ha
> failed to prepare receptor for AutoDock Vina; please look in Reply Log to see errors.</font></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Please let me know if there is anything I should do to address this issue. <br></font></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Best,
Alex</font></pre></div><div><br></div><div><br></div></div></div>