<div dir="ltr">Thank you so much. I do have a follow up question. Is there a way to reverse color the densities that I didn't fit a model/markers in? I mean similar to a reverse selection type strategy to save time.  </div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jan 18, 2019 at 12:21 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Ahmad,<br>
I believe you have to do it in one step.  Color all the atomic models, select all the atomic models at the same time, then do the coloring with Color Zone.<br>
Elaine<br>
<br>
> On Jan 17, 2019, at 11:43 PM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Thanks. When I try to color a different part of the map, it removes the first color. How can I save the colors to the map? P.s. I use atomic models for the coloring. <br>
> <br>
> On Thu, Jan 17, 2019 at 5:05 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> Hi Ahmad,<br>
> There’s not really that many steps to it.  You just need to select the markers and then use the Color Zone tool.  There is a little more description here<br>
> <<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/data/tutorials/volumetour/volumetour.html#colorzone" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/data/tutorials/volumetour/volumetour.html#colorzone</a>><br>
> <br>
> ...and in the Color Zone manual page:<br>
> <<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/colorzone/colorzone.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/colorzone/colorzone.html</a>><br>
> <br>
> As mentioned in that page, you can also do it with the “scolor” command “zone” option.<br>
> <<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/scolor.html#zone" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/scolor.html#zone</a>><br>
> <br>
> I hope this helps,<br>
> Elaine<br>
> -----<br>
> Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
> UCSF Chimera(X) team<br>
> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
> University of California, San Francisco<br>
> <br>
> > On Jan 17, 2019, at 9:19 AM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > <br>
> > I know I can use volume tracer to place markers in the density. There was a tutorial explaining the use of these markers to color certain areas of my density map, however I lost track of it. <br>
> > <br>
> > Best regards. <br>
<br>
</blockquote></div>