<div dir="ltr">Thanks Elaine, but after I combine using the syntax that you mentioned, I get the entire molecule and not the chains that I selected. <div><br></div><div>I also tried selecting the that chains that I want to combine from different models, and used "combine sel", I got the same result. </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jan 30, 2019 at 6:21 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Ahmad,<br>
Commas separate items at the main symbol level # (model) : (residue) @ (atom).  They cannot be used to separate items at the sub-levels with dots after those symbols   #. (submodel)  :. (chain ID)  @.  (atom alternate location).<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#hierarchy" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/atom_spec.html#hierarchy</a>><br>
<br>
I agree it can be confusing.  In our next-gen program ChimeraX we only use the dot for submodels, and chain has its own symbol.<br>
Best,<br>
Elaine<br>
<br>
> On Jan 30, 2019, at 2:18 PM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Thanks, I will try that, but quickly, I often use commas with selection and it works fine, what's the difference between the commas and the colons? <br>
> <br>
> On Wed, Jan 30, 2019 at 4:03 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>
> Hi Ahmad,<br>
> The specification is wrong for two reasons:<br>
> (1) need colon instead of comma, for example #1:.k:.e<br>
> (2) you would need to either remove the space between the two models or put quotes around the whole thing like "#1:.k:.e #2:.k:.e"<br>
> <br>
> However, more important is that “combine” will include all the atoms in the whole models even if you only specify some chains. It says this in the second paragraph:<br>
> <<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/combine.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/combine.html</a>><br>
> <br>
> So what you really wanted to do is to delete all the other atoms before you combine the two models, something like<br>
> <br>
> select #1:.k:.e #2:.k:.e<br>
> delete ~sel<br>
> combine #1,2<br>
> <br>
> (also make sure you really have models #1 and #2, since the first model is #0 and you might need to use #0 and #1 instead… check in the Model Panel, opened from Favorites menu)<br>
> <br>
> I hope this helps,<br>
> Elaine<br>
> -----<br>
> Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
> UCSF Chimera(X) team<br>
> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
> University of California, San Francisco<br>
> <br>
> > On Jan 30, 2019, at 11:23 AM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > <br>
> > I'm trying to combine a few chains from different models. I'm using: combine #1:.k,.e #2:.k,.e. I'm getting the above error, and I'm not sure why my selection isn't working! <br>
> > <br>
> > Regards.  <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>