<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Glad it did what you needed!<div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Jan 24, 2019, at 11:29 AM, Brian E Coggins <<a href="mailto:bec2@duke.edu" class="">bec2@duke.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class="">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Eric,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Hack or not, this does the job perfectly!  Many thanks.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Brian</div>
<div class=""><br class="">
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jan 23, 2019, at 6:36 PM, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" class="">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi Brian,
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>It seems the vdw command caches the computed surface points and that therefore various tricks with ~vdw/vdw don’t update the surface.  However changing the dot density does clear the
 cache and cause a recomputation, so you can use this awful hack to get the vdw surface to update as you adjust torsions:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>perframe “vdwdens 5.1; vdwdens 5”</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Every frame, the density will be changed to 5.1 and then back to the (default) 5.  You might want to use different numbers.  I prefer not to be “credited” with this idea. :-)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div style="letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>not Eric Pettersen</div>
<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"></span>not from the UCSF Computer Graphics Lab</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
</div>
<div class=""><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Jan 23, 2019, at 3:14 PM, Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" class="">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="">Hi Brian,<br class="">
This is not a direct answer to your question, but alternatives to showing VDW dots are:
<br class="">
<br class="">
(A) show sphere representation (VDW spheres) instead of stick representation of atoms<br class="">
<br class="">
(B) show molecular surface, which will update as bonds are rotated. You could make it transparent and/or show it as mesh, e.g. commands:<br class="">
<br class="">
surftrans 75<br class="">
surftrans 0<br class="">
surfrep mesh<br class="">
<br class="">
There is also a “dot” style (as opposed to mesh and solid) but then you’d want to crank up the vertex density to put the dots closer together… e.g.  select the surface with Ctrl-click and then use the Selection Inspector (open by clicking green magnifying glass
 icon), inspect: MSMS surface, increase “vertex density” and maybe dot size.<br class="">
<br class="">
Depending on the structure, however, molecular surface calculation may be slow and/or fail as you change the structure by rotating bonds.<br class="">
<br class="">
I hope this helps,<br class="">
Elaine<br class="">
-----<br class="">
Elaine C. Meng, Ph.D.<br class="">
UCSF Chimera(X) team<br class="">
Department of Pharmaceutical Chemistry<br class="">
University of California, San Francisco<br class="">
<br class="">
<blockquote type="cite" class="">On Jan 23, 2019, at 1:29 PM, Brian E Coggins <<a href="mailto:bec2@duke.edu" class="">bec2@duke.edu</a>> wrote:<br class="">
<br class="">
Hello,<br class="">
<br class="">
If I am displaying atomic dots using the “vdw” command, is there any way to get the dots to update as structural changes are made?  For example, if I am adjusting torsions in the Adjust Torsion box, is there a way to get the dots to follow along as the structure
 changes?<br class="">
<br class="">
Thanks,<br class="">
Brian<br class="">
<br class="">
---<br class="">
Brian E. Coggins, Ph.D.<br class="">
Assistant Research Professor of Biochemistry<br class="">
Duke University, Durham, NC<br class="">
</blockquote>
<br class="">
<br class="">
_______________________________________________<br class="">
Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" class="">
Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br class="">
Manage subscription: <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__plato.cgl.ucsf.edu_mailman_listinfo_chimera-2Dusers&d=DwMFaQ&c=imBPVzF25OnBgGmVOlcsiEgHoG1i6YHLR0Sj_gZ4adc&r=JmdKguPEauBkWmtWm25juQ&m=LSTaJUYRnogImNKWyAllFBK4n1AfdA7aKsSUHb8eL6o&s=JdNt8rCOjIBUHiZTQrXaaNq5u6f26unu56AWlRuFAXw&e=" class="">
http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
<div class=""><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-variant-east-asian: normal; font-variant-position: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
<div class="">
<div class="">---</div>
<div class="">Brian E. Coggins, Ph.D.</div>
<div class="">Assistant Research Professor of Biochemistry</div>
<div class="">Duke University, Durham, NC</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</div>

</div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>