<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi all,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">I am using chimera to display a structure with a 10-residue gap. When I use a pdb format file, the gap appears as a dashed line and everything is fine. However, when I convert the coordinate file to cif format, chimera draws a very long bond across the gap. Further, the residue numbering seems to have changed, so that now instead of skipping the 10 figures in the gap, the residues at both sides are consecutively numbered, and therefore the numbering in the rest of the protein is wrong. I understand this happens because chimera is using the cif column "label_seq_id" instead of "auth_seq_id" to identify the residue number. Is there a way to make chimera use the auth_seq_id column instead?</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Sorry if this has already been answered, I googled it and saw similar questions but not the actual answer to this one.</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Best,<br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>  -------------------------------------------------------------<br>  Carmen San Martín, Ph. D.    <br>  Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC)<br>  Darwin, 3<br>  28049-Madrid (SPAIN)<br>  Email:  <a href="mailto:carmen@cnb.csic.es" target="_blank">carmen@cnb.csic.es</a><br>  Phone:  34-91-5855450<br>  Fax:     34-91-5854506<a href="http://www.cnb.csic.es/" target="_blank"></a><br>  <a href="http://tinyurl.com/carmensanmartinlab" target="_blank">http://tinyurl.com/carmensanmartinlab</a><br></div><div>  <a href="https://sites.google.com/site/adenonet/" target="_blank">https://sites.google.com/site/adenonet/</a> <br></div><div>  ------------------------------------------------------------</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>