<div dir="ltr">Thanks. When I try to color a different part of the map, it removes the first color. How can I save the colors to the map? P.s. I use atomic models for the coloring. </div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jan 17, 2019 at 5:05 PM Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Ahmad,<br>
There’s not really that many steps to it.  You just need to select the markers and then use the Color Zone tool.  There is a little more description here<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/data/tutorials/volumetour/volumetour.html#colorzone" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/data/tutorials/volumetour/volumetour.html#colorzone</a>><br>
<br>
...and in the Color Zone manual page:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/colorzone/colorzone.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/colorzone/colorzone.html</a>><br>
<br>
As mentioned in that page, you can also do it with the “scolor” command “zone” option.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/scolor.html#zone" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/scolor.html#zone</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Jan 17, 2019, at 9:19 AM, Ahmad Khalifa <<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> I know I can use volume tracer to place markers in the density. There was a tutorial explaining the use of these markers to color certain areas of my density map, however I lost track of it. <br>
> <br>
> Best regards. <br>
<br>
</blockquote></div>