<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Dear Chimera Users</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I want to measure the distance between an atom (or group of atoms) and the protein surface. I need a sort of residue depth, so the shortest distance between an atom and the molecular surface would be fine for me. I found that command "measure distance" could help, but it does not appear to be working, because every atom that I choose give aproximately the same value. For example (I have only one molecule loaded in Chimera) :.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default">measure distance #0:1@ca #0<br></div><div class="gmail_default">log info:</div><div class="gmail_default">minimum distance from #0:1.B@CA to 1752 atoms, 1 surfaces = 1.4814<br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">measure distance #0:58@ca #0</div><div class="gmail_default">minimum distance from #0:58.B@CA to 1752 atoms, 1 surfaces = 1.4484<br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">The second selected atom is clearly deeper inside the protein</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">Thank you in advance</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">Sergio</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font color="#0000ff" size="1"><i>Sergio Garay<br>Dr. en Ciencias Biológicas<br>Facultad de Bioquimica y Cs. Biológicas<br>Universidad Nacional del Litoral<br>Santa Fe - Argentina<br>C.C. 242 - Ciudad Universitaria - C.P. S3000ZAA<br>Argentina<br>Ph. +54 (342) 4575-213<br>Fax. +54 (342) 4575-221 </i></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>