<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>A quick update:</div><div><br></div><div>runCommand("sel #0 & ligand zr<6 | #0 & solvent zr<6")<br>runCommand("minimize spec 'sel' fragment true cache true prep false freeze '@CA | ~sel' nsteps 100 cgsteps 10")</div><div><br></div><div>Freezing the unselected atoms works. However, my impression is that "spec" and "fragment" have no effect whatsoever and that the total energy is computed at each iteration.</div><div><br></div><div><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font size="2">--<br></font><font size="2">Edelmiro Moman, PhD<br>South Ural State University - SUSU</font><div dir="ltr"><font size="2">Южно-Уральский государственный университет - ЮУрГУ<br>Phone: +7 902 614 73 77<br>E-mail: <a href="mailto:miromoman@gmail.com" target="_blank">miromoman@gmail.com</a><br><a href="https://www.linkedin.com/in/edelmiro-moman-3a9979a/" target="_blank">https://www.linkedin.com/in/edelmiro-moman-3a9979a/</a></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, 18 Dec 2018 at 12:47, Miro Moman <<a href="mailto:miromoman@gmail.com">miromoman@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div>I would like to minimise the binding site including ligands, cofactors and water molecules.</div><div><br></div><div>I have the following script:</div><div>___</div><div><br></div><div>runCommand("open " + pdbpath + pdbid + "_chimera.pdb")<br><br>runCommand("findclash 'ligand | solvent' test '~ligand | ~solvent' overlapCutoff -1.0 hbondAllowance 0.0 intraMol false selectClashes true")<br><br>runCommand("sel up")<br>runCommand("namesel tomin")<br><br>runCommand("minimize spec tomin fragment true cache true prep true freeze :@ca cgsteps 0")<br><br>runCommand("write format pdb #0 " + pdbpath + pdbid + "_min.pdb")<br>runCommand("write format mol2 #0 " + pdbpath + pdbid + "_min.mol2")</div><div>___</div><div><br></div><div>I am facing two issues:</div><div><br></div><div>1) Water molecules are deleted by prep. Is there as way of preventing this. <br></div><div>I have tried creating a custom preferences file like:</div><div><br></div><div>echo "{'AddCharge': {'charge method': 'Gasteiger'}," > ${DIR}/chimera_preferences<br>#echo " 'DockPrep': {'delete solvent': 'false'}," > ${DIR}/chimera_preferences<br>echo " 'DockPrep': {'incomplete side chains': 'rotamers'}}" >> ${DIR}/chimera_preferences</div><div><br></div><div>However, the second option is not recognised. Does it exist and, if so, what would be the correct syntax?</div><div><br></div><div>2) The second problem is that the selection is ignored and every atom except CAs is minimised. <br></div><div><br></div><div>Another option I have tried be setting prep to false and running it beforehand:</div><div><br></div><div>models = chimera.openModels.open(pdbpath + pdbid + "_chimera.pdb")<br>prep(models, delSolvent=False)</div><div><br></div><div>But, again, if I do this, the selection is also ignored.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Miro</div><div><br></div><div><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail-m_-1289236665438199930gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font size="2">--<br></font><font size="2">Edelmiro Moman, PhD<br>South Ural State University - SUSU</font><div dir="ltr"><font size="2">Южно-Уральский государственный университет - ЮУрГУ<br>Phone: +7 902 614 73 77<br>E-mail: <a href="mailto:miromoman@gmail.com" target="_blank">miromoman@gmail.com</a><br><a href="https://www.linkedin.com/in/edelmiro-moman-3a9979a/" target="_blank">https://www.linkedin.com/in/edelmiro-moman-3a9979a/</a></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>