<div>Hi All,</div><div><br></div><div>  I'm trying to do the fitting of a
model into EM (mrc map) for real-space-refine in phenix.</div><div>First I read
the map and clicked "center" in the Volume viewer. Then I saved the centered
map, assuming that the header info will be updated in the saved
map.</div><div>I did the fitting and saved the model relative to the map.
Reading the saved map and fitted model back looks OK. However, when I do the
real-space-refine in Phenix, the CC-value during the run is really low (0.01)
suggesting something is not properly done. I checked the header (using mrcfile)
of the saved "centered" map and compared it to the original map and it is the
same "0,0,0". Which means chimera did not update the header after
centering.</div><div><br></div><div>    I'm not if there is a more
proper way to do this! Any advice?</div><div><br></div><div>  Thank you
for your help.</div><div><br></div><div>  Ibrahim 
 </div><div><br>Ibrahim M.Moustafa, Ph.D.<br>Pennsylvania State
University<br>Biochemistry & Molecular Biology Dept.<br>Millennium Science
Complex<br>University Park, PA16802<br><br>Tel (814)863 5940<br>Fax (814)865
7927<br><br><br></div>