<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Dear Chimera crew, <div>                     I am having serious trouble running my script using chimera --nogui --script option. I tried running a simple script that just prints a comment, and i dont get anything returned on the cmd, let alone the actual script. </div><div><br></div><div>The cmd does not flag up any errors , it just does nothing and return back to the prompt.</div><div>I have chimera 1.13.1 and its added to the system path - "C:\Program Files\Chimera 1.13.1rc\bin\". I can launch chimera fine from the command line showing its added to path fine.</div><div><br></div><div>I am completely stumped! Also, the script works fine within the IDLE of the GUI.</div><div><br></div><div>See code below:</div><div><br></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">import os<br>print "Script is running"<br>from chimera import runCommand as rc # use 'rc' as shorthand for runCommand<br>from chimera import replyobj # for emitting status messages<br># change to folder with data files<br>os.chdir("C:/Users/JM/Documents/Public Qsync/Jenny Taylor/IREDs/Structures/")<br># gather the names of .pdb files in the folder<br>file_names = [fn for fn in os.listdir(".") if fn.endswith(".pdb")]<br># loop through the files, opening, processing, and closing each in turn<br>for fn in file_names:<br>        res = "tyr"<br>        if fn == ""2NAD.pdb":<br>                print fn<br>                replyobj.status("Processing " + fn) # show what file we're working on<br>                rc("open " + fn)<br>                for b in range(1,300):<br>                        rc("sel #0" + ":"+str(b))<br>                        rc ("swapaa "+res + " sel criteria p")<br>                        rc ('write format pdb #0'+ " " + fn +"_"+res+'mutated.pdb')<br>        rc("close all")<br># uncommenting the line below will cause Chimera to exit when the script is done<br>rc("stop now")</blockquote></div><div><br></div><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Dr. Ahir Pushpanath<b> PhD.</b><br>Senior Biologist,<br></div>Johnson Matthey.<br><div><div><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div>