<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>So, if you have a graphics card, the full version of chimera will
      be *much* faster for 3D graphics. So depending on your definition
      of efficient, the full version is way more efficient.  The
      offscreen rendering is done with a software implementation of
      OpenGL using OSMesa.  And the bundled version of OSMesa is
      ancient, so it is believable that some of Chimera's graphics are
      not rendered properly.</p>
    <p>Possible solutions: (A) use the full version of Chimera, (B)
      install the system version of OSMesa and remove
      CHIMERA/lib/libOSMesa.so*, so Chimera picks up the system version
      (but currently the Ubuntu/CentOS/RHEL versions only support OpenGL
      2.1), (C) compile OSMesa from the Mesa source, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.mesa3d.org">www.mesa3d.org</a>,
      needs the --enable-gallium-llvm option for OpenGL 3.3 support, (D)
      wait a week and use ChimeraX (I'm debugging the offscreen support,
      and it bundles a version of OSMesa that should work for Chimera
      too), or (E) extract the libOSMesa.so from ChimeraX and put it in
      CHIMERA/lib.</p>
    <p>I'd skip solution (C).  (D) is recommended if ChimeraX has enough
      support for what you need to do -- it is more short term work for
      better results.  (B) is easy if it works.  (E) is more likely to
      work than (B).  (A) is best for just getting things done quickly.</p>
    <p>    HTH,</p>
    <p>    Greg<br>
    </p>
    <div class="moz-cite-prefix">On 11/16/2018 8:33 PM, Chemmama, Ilan
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:ED727A3B-1877-4ACD-8136-984A5876FCE3@ucsf.edu">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
      <div class=""><span style="font-family: ArialMT;" class="">Dear
          developers, </span><br style="font-family: ArialMT;" class="">
      </div>
      <div class=""><span style="font-family: ArialMT;" class=""><br
            class="">
        </span></div>
      <div class=""><span style="font-family: ArialMT;" class="">I am
          trying to create a bunch of images using Chimera. </span></div>
      <div class=""><span style="font-family: ArialMT;" class="">I wrote
          a script that create the scene using the following steps:</span></div>
      <div class=""><span style="font-family: ArialMT;" class=""><br
            class="">
        </span></div>
      <div class="">
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class="">mc_frame=str(INPUT_FRAME_NUMBER)</b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class="">rmffile=str("PATH_TO_RMF")</b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class=""><br
                class="">
            </b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class="">runCommand('open
              '+rmffile)</b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class=""><br
                class="">
            </b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class="">runCommand('set
              bgcolor white')</b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class="">runCommand('windowsize
              1028 1028')</b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class="">runCommand('~set
              depthCue')</b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class="">runCommand('set
              projection orthographic')</b></font></div>
        <div class=""><font class="" face="ArialMT"><b class=""><br
                class="">
            </b></font></div>
        <div class=""><span style="font-weight: bold; font-family:
            ArialMT;" class="">runCommand('wait 2')</span></div>
      </div>
      <div class=""><font class="" face="ArialMT">
          <div style="font-weight: bold;" class="">runCommand('scale
            0.75')</div>
          <div style="font-weight: bold;" class="">runCommand('copy file
            ./Image_'+mc_frame+'.png PNG supersample 3 dpi 300')</div>
          <div style="font-weight: bold;" class="">runCommand('close
            all')</div>
          <div style="font-weight: bold;" class="">runCommand('stop
            now’)</div>
          <div style="font-weight: bold;" class=""><br class="">
          </div>
          <div class="">While the scrips works in the headless version
            using PDB files, I have not been successful when using RMF
            files. </div>
          <div class="">The images when using the RMF files are just the
            background color (red when set to red, blue when set to
            blue) without the structure. </div>
          <div class="">I tried also to add the display .2 option as in:</div>
          <div class=""><b class="">runCommand(‘display #0.2’) </b></div>
          <div class="">which corresponds to the RMF beads scene in the
            model panel. </div>
          <div class=""><br class="">
          </div>
          <div class="">I should add that using the GUI version of
            chimera, the script works fine and all the images are
            properly created.</div>
          <div class=""><br class="">
          </div>
          <div class="">Do you have any hints/clues on what could be
            done to make it work? </div>
          <div class="">(I am running the script the full version of
            chimera but the headless should be more efficient). </div>
          <div class=""><br class="">
          </div>
          <div class="">Thanks, </div>
          <div class="">Ilan</div>
        </font></div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
Manage subscription: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>