<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am a beginner and still in the learning phase of chimera. </div><div>Here is my question.</div><div>I generated the mask from relion (mask creation) and open the mask in chimera.</div><div>Using segmentation, I successfully split the mask into three segments and saved them individually.</div><div>Then, I found that each mask file changes its box size (smaller than the original mask) and failed to run the multi-body refinement in relion.</div><div><br></div><div>Using relion_image_handler (--new_box), I changed the box size but now the origin is shifted and all three masks are overlapping each other by losing their relative position.</div><div><br></div><div>Is there a way to save the segmented mask maps by maintaining its original box size and relative position?</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>Best, Uhnsoo </div><div><div><br></div><br></div></div>