<div dir="ltr">Is it possible to do set operation like<div>alias common_set set_A & set_B</div><div>alias subtract_set set A not set_B</div><div>Thanks a lot</div><div>Wen-Shyong</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>> æ–¼ 2018å¹´10月29æ—¥ é€±ä¸€ ä¸Šåˆ12:12寫道：<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Paris,<br>
What do you want to do with these  residues, only select them?  You could just make that list into a command file.  E.g.<br>
<br>
select :15.c<br>
select :16.c<br>
<br>
(etc.) and name this plain text file something.cmd or <a href="http://something.com" rel="noreferrer" target="_blank">something.com</a>.  Then opening it will execute the commands. By default each selection command will replace the previous (so that would only select one residue at a time) but if you first choose menu: "Select… Selection mode… append” it will then accumulate the selections instead.<br>
<br>
Of course, the command file could do other things like coloring instead of selection.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/indexcommand.html#cmdfile" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/indexcommand.html#cmdfile</a>><br>
<br>
However, I’m guessing you really want to do several different things with this set of residues.  In that case,  just give the set(s) of residues different short names with the â€œalias" command.  Then you can keep doing things easily to that set including selecting/deselecting it.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/alias.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/alias.html</a>><br>
<br>
However, the alias needs all the residues that you want to give a single name to be in a single command, e.g.<br>
<br>
alias myres1 :15-17.C,263-265.A<br>
<br>
….and/or multiple sets with multiple names… <br>
<br>
alias cres :15-17.C<br>
alias ares :263-265.A<br>
<br>
Then later you can just use them in other commands, <br>
<br>
select myres1<br>
color orange cres<br>
color dodger blue ares<br>
<br>
These alias commands can be quite long if your residue list is long, but you’d only have to enter a given alias once, and the alias command itself could be in a command file.  I’ve often done this for making paper figures where I want to easily color certain sets of residues (domains, catalytic sites, mutation hotspots, etc.)<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Oct 27, 2018, at 7:31 PM, Paris Tzou <<a href="mailto:paristzou@gmail.com" target="_blank">paristzou@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear all,<br>
>  Â I want to load a file containing a lit of residues of protein which is already shown in Chimera. I don't want to manually select the residues under investigation through "Favorite -- Sequence". Is there a way of doing this ?  I know I can do it using command line like:select #0:15-17.C,263-265, 300-310.A. Instead, I can have a text file with content like:<br>
> <br>
> 15,C<br>
> 16,C<br>
> 17,C<br>
> 263,A<br>
> 264,A<br>
> 265,A<br>
> <br>
> Thank you very much.<br>
> Paris Tzou<br>
<br>
</blockquote></div>