<div dir="ltr"><div>Hi Elaine:</div><div>If the deposited sequence for 4i4t is correct, the deposited pdb is wrong (void between 42-45 and 360-369 in chain D).</div><div>The deposited cif file is correct, however, for reasons that I do not know, chimera follows the error that I said above in extracting pdb. VMD extracts correctly the pdb, at least as far as chain D is concerned (no voids, so that 431 residues, as indicated on RCSB, i.e., missing 442-455).<br></div><div>Best regards</div><div>francesco<br></div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">---------- Forwarded message ---------<br>From: <b class="gmail_sendername" dir="auto">Francesco Pietra</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:chiendarret@gmail.com">chiendarret@gmail.com</a>></span><br>Date: Sat, Oct 6, 2018 at 9:43 PM<br>Subject: Re: [Chimera-users] error opening .cif file<br>To: chimera <<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>><br></div><br><br><div dir="auto">Hi Elaine<div dir="auto">I had better waited, examining the sequence, before claiming an error. </div><div dir="auto">I'll also update chimera.</div><div dir="auto">francesco</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat, Oct 6, 2018, 19:10 Elaine Meng <<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Francesco,<br>
The PDB and mmCIF files for 4i4t have chain D 42 directly bonded to 45, and no residues 43 or 44. Although I have no idea why the data is like this,  I believe Chimera is reading the file correctly. <br>
<br>
Your version of Chimera is a couple of years old (1.11 is from 2016 and 1.13 was released this year), but that would not have any effect on this issue.<br>
Best,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Oct 6, 2018, at 8:39 AM, Francesco Pietra <<a href="mailto:chiendarret@gmail.com" rel="noreferrer" target="_blank">chiendarret@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi<br>
> With my /opt/UCSF/Chimera64-1.11.2/bin/chimera, I notice a mistake in opening 4i4t.cif.gz (as 4i4t.cif), i.e., residue 43 and 44 in chain D are mis-numbered 44 and 45, giving the wrong impression that residues 43 and 44 are missing. I have not checked anything else.<br>
> cheers<br>
> francesco pietra<br>
> <br>
<br>
</blockquote></div>
</div></div></div>