<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Hi,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I tried to do it using the following bild file (using the info from axes):</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><div class="gmail_default">.translate 0.0 0.0 0.0</div><div class="gmail_default">.scale 5</div><div class="gmail_default">.sphere 0 0 0 0.5</div><div class="gmail_default">.color 1 0 0</div><div class="gmail_default">.arrow 0 0 0 0.985 -0.173  -0.013</div><div class="gmail_default">.color 1 1 0</div><div class="gmail_default">.arrow 0 0 0 -0.086 -0.553  0.829</div><div class="gmail_default">.color 0 0 1</div><div class="gmail_default">.arrow 0 0 0 0.150  0.815  0.559</div><div></div></div><br></div><div dir="ltr"><span style="font-family:verdana,sans-serif">Because for each axis (v1/v2/v3) there is just one position reported (I thought they <div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;display:inline">corresponded to </div> x2/y2/z2), I<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;display:inline"> firstly</div> supposed the x1/y1/z1 in each line of arrow (bild file) should be zero (0). However, I see now this <div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;display:inline">assumption </div>is not correct. <div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;display:inline">How can I see the arrows superposed on my ligand</div></span><span style="font-family:verdana,sans-serif">?</span><span style="font-family:verdana,sans-serif"> </span></div><div dir="ltr"><span style="font-family:verdana,sans-serif"><br></span></div><div dir="ltr"><span style="font-family:verdana,sans-serif"></span></div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Andres F.</div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">El mié., 5 sept. 2018 a las 1:14, Elaine Meng (<<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Andrés,<br>
from <<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/measure.html#inertia" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/measure.html#inertia</a>><br>
<br>
"The vectors v1, v2, and v3 are the principal axes (longest to shortest). The lengths a, b, c are half-diameters along axes v1, v2, and v3, respectively.”<br>
<br>
Major is just the longest one.  There isn’t a direct option to show as arrows, sorry, only as the ellipsoid.  You could make the ellipsoid transparent if that helps (e.g. select it and use command “transparency 75 sel”).  <br>
<br>
If it is mainly the directions of the vectors you care about rather than the magnitudes, you can (with the atoms selected) instead use commands to define a disc that is the plane (first two principal axes) and then the normal to that plane (third axis):<br>
<br>
define plane sel number 1<br>
define axis p1<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/define.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/define.html</a>><br>
However, the plane disc size and axis length do not show the vector magnitude, only direction.<br>
<br>
Another option, but more work, is that you can take the reported values from “measure inertia" and calculate arrow endpoints and make a BILD text file describing those arrows and open it in Chimera.<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/bild.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/bild.html</a>><br>
<br>
You can open the example file linked to that page XYZ-axes.bild (just use File… Open) to show the X,Y,Z axes as arrows.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
> On Sep 3, 2018, at 3:26 AM, Felipe Vasquez <<a href="mailto:anfelvas@gmail.com" target="_blank">anfelvas@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Dear all,<br>
> I am interested in visualizing the major and minor axes of inertia of a ligand in a PDB structure by using UCSF Chimera. Once I calculate the axis of inertia by entering in command line:<br>
> <br>
> measure inertia sel<br>
> <br>
> I obtained the following info (in reply log):<br>
> <br>
> v1 =  0.985 -0.173 -0.013   a =  6.079   r1 =  2.103<br>
>       v2 = -0.086 -0.553  0.829   b =  4.564   r2 =  2.765<br>
>       v3 = -0.150 -0.815 -0.559   c =  1.127   r3 =  3.400<br>
>       center =   38.682   56.595   62.547<br>
> <br>
> However, I do not still know:<br>
> <br>
> 1- What are the major and minor axes of inertia? This info is given by the "a/b/c" or "r1/r2/r3" values?<br>
> 2-How can I visualize the major and minor axes of inertia as planes (or arrows)?<br>
> <br>
> Thanks in advances for your help.<br>
> Best regards,<br>
> Andrés Felipe Vásquez J., BSc, MSc.<br>
<br>
</blockquote></div></div>