<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Dear all,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I am interested in visualizing the major and minor axes of inertia of a ligand in a PDB structure by using UCSF Chimera. Once I calculate the axis of inertia by entering in command line:</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">measure inertia sel<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">I obtained the following info (in reply log):</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><div class="gmail_default">v1 =  0.985 -0.173 -0.013   a =  6.079   r1 =  2.103</div><div class="gmail_default"><span style="white-space:pre">       </span>v2 = -0.086 -0.553  0.829   b =  4.564   r2 =  2.765</div><div class="gmail_default"><span style="white-space:pre">   </span>v3 = -0.150 -0.815 -0.559   c =  1.127   r3 =  3.400</div><div class="gmail_default"><span style="white-space:pre">    </span>center =   38.682   56.595   62.547</div></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">However, I do not still know:</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">1- What are the major and minor axes of inertia? This info is given by the "a/b/c" or "r1/r2/r3" values?</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">2-How can I visualize the major and minor axes of inertia as planes (or arrows)?</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Thanks in advances for your help.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Best regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><font face="tahoma, sans-serif" size="2"><b>Andrés Felipe Vásquez J., <i>BSc, MSc.</i></b><br></font><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif" size="2"><div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;display:inline"></div><div class="gmail_default" style="display:inline">PhD candidate in Chemical Engineering</div></div><div>Universidad de los Andes</div><div>Bogotá, D.C., Colombia </div></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif" size="2">Carrera 1 #18A-12, Of. ML-754(26)<br></font></div></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="tahoma, sans-serif" size="2"><div>+57 1 3394949 Ext. 1747</div></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>