<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Hi Boris,<div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>Well, not directly.  If you run the AddCharge tool (or â€˜addcharge’ command), which will in turn add hydrogens if any are missing, then the â€œAmber name” of the residue is computed and put into the â€˜amberName’ attribute of each residue.  So, if you then run the Python script below (simply by opening it with File→Open or the â€œopen” command), then the regular name of the residue will be overwritten with the amberName attribute and if you then save a PDB file, the residue names will use the Amber convention.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Eric</div><div class=""><br class=""><div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">    </span>Eric Pettersen</div><div class=""><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">  </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div class=""><br class=""></div><div class=""></div></div></div></div></body></html>