
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    Hi everyone,<br>

    <br>

    I am trying to do docking using the command line tool in chimera. I

    found that when I use the GUI opening Tools > Surface/Binding

    Analysis > AutoDock Vina and following the docking window, I get

    very similar results for the docking pose and score every time I run

    the docking. However, if I do the same with the command line tool

    (with the same parameters, box size, local version of vina, same

    dock prep), I get very different results: the ligand is never in a

    good docking position, always on a different side of the pocket, and

    sometimes even intercepts strands of the protein. The docking scores

    are also off. <br>

    <br>

    I am using using Chimera 1.13 (build 41780), AutoDock Vina 1.1.2

    (May 11, 2011), and the following command line for docking:<br>

    <br>

    <font face="Courier New, Courier, monospace">vina docking receptor

      protein ligand #1.2 output

      /home/mariana/GTN/docking/keap1/docking_test13 search_center

      -7,3,-30.32 search_size 19,21,21 backend local location

      /home/mariana/bin/vina num_modes 9<br>

    </font><br>

    I also found that the command line does not accept any of the vina

    receptor or ligand options (e.g. receptor_addh) and gives me error

    messages when including those ("Keyword 'receptor_addh' doesn't

    match any known keywords")<br>

    <br>

    Does anyone what the problems for those issues could be?<br>

    <br>

    Thanks,<br>

    Mariana<br>

  </body>

</html>