<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Chimera Users<br><br></div>I am using hbond command to determine hydrogen bonds between a receptor and multiple  compounds with different conformations from a docking simulation. I used a cmd script to automatise the process however I am facing and error that I am not sure to understand. I just pasted follow the part of the reply log where the problem appeared. The problem here is that when I load the compound with the different docked conformations separatly it is not always the same conformation taht has this error so I don't know what is the real problem.<br><br></div>Many thanks for your help.<br><br></div>Nawel<br><div><div><br><span style="color:rgb(0,0,255)"><i>Finding intermodel H-bonds<br>Finding intramodel H-bonds<br>Constraints relaxed by 0.4 angstroms and 20 degrees<br>Models used:<br>    #0 Representative_confo_site_active_minimum_distance_state001.pdb<br>    #1 DB08734_1|LigPrep_output_named|sdf|8330|dock5<br><br>H-bonds (donor, acceptor, hydrogen, D..A dist, D-H..A dist):<br>#0 LYS 73.A NZ   #1 UNK 1 O1  no hydrogen  2.924  N/A<br>#0 ASN 76.A ND2  #1 UNK 1 N4  no hydrogen  2.398  N/A<br>2 hydrogen bonds found<br>DB08734_1|LigPrep_output_named|sdf|8330|dock6 opened<br>donor: #0 ASN 76.A ND2  acceptor: #1 UNK 1 N4<br>Traceback (most recent call last):<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/chimeraInit.py", line 683, in init<br>    chimera.openModels.open(a, prefixableType=1)<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/chimera/__init__.py", line 1919, in open<br>    models = func(filename, *args, **kw)<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/Midas/ChimeraExtension.py", line 35, in func<br>    processCommandFile(cmdFile)<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/Midas/midas_text.py", line 108, in processCommandFile<br>    _processFile(f, emulateRead, filename)<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/Midas/midas_text.py", line 143, in _processFile<br>    if makeCommand(line):<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/Midas/midas_text.py", line 69, in makeCommand<br>    f(c, args)<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/FindHBond/ChimeraExtension.py", line 33, in cmdHBonds<br>    specInfo=[("spec", "models", "molecules")])<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/Midas/midas_text.py", line 451, in doExtensionFunc<br>    extFunc(*tuple(processedArgs), **kw)<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/FindHBond/base.py", line 940, in createHBonds<br>    interSubmodel=interSubmodel, cacheDA=cacheDA)<br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/FindHBond/base.py", line 574, in findHBonds<br>    (donorAtom, donorHyds) + args):<br>TypeError: accPhiPsi() takes exactly 8 arguments (9 given)<br>Error while processing chimera_input_step2_bug.cmd:<br>TypeError: accPhiPsi() takes exactly 8 arguments (9 given)<br><br>  File "/sge/packs/binaries_centos/chimera-1.11.2-CentOS6/share/FindHBond/base.py", line 574, in findHBonds<br>    (donorAtom, donorHyds) + args):<br><br>See reply log for Python traceback.<br></i></span><br><br><br clear="all"><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p style="text-align:left"><font face="times new roman, serif">Dr Nawel Mele, </font></p></div></div></div></div></div><span style="font-family:"times new roman",serif">T: +33 (0) 634443794 (Fr)</span><br><div><div><div><div><div><p style="text-align:left"><span style="font-family:"times new roman",serif">+44 (0) 7704331840 (UK)</span></p></div></div></div></div></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><p style="text-align:left"><font face="times new roman, serif"><br></font></p></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div>