<div dir="ltr"><div>Dear Elaine,</div><div><br></div><div>Thanks for your helpful answer.<br></div><div>Great software, very useful.<br></div><div><br></div><div>Regards.</div><div><br></div><div>David.<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 10, 2018 at 5:12 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi David,<br>
The clustering description in the MD Movie (trajectory viewer) page says to see Ensemble Cluster for details:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/movie/movie.html#clustering" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/<wbr>ContributedSoftware/movie/<wbr>movie.html#clustering</a>><br>
<br>
Here is the Ensemble Cluster documentation, including literature reference for the method:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/ensemblecluster/ensemblecluster.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/<wbr>ContributedSoftware/<wbr>ensemblecluster/<wbr>ensemblecluster.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> On Jul 10, 2018, at 1:29 PM, David Adrian Saez San Martin <<a href="mailto:davidsaez@udec.cl">davidsaez@udec.cl</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello, I want to use Chimera to generate clusters of a molecular dynamics trajectory. I have been looking for info about the clustering algorithm it uses, but I was not able to find anything. I guess it employs a default technique, does anybody know which one?<br>
> Regards.<br>
> David-.<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>