<div dir="ltr">Thanks, that clears it up</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 22, 2018 at 1:09 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Andrew,<br>
Your command attempt mystifies me, but I’ll go on the rest of what you said…<br>
<br>
Just show a molecular surface (e.g. with command “surface”) and then save a file with the list of residue SASA values.  You would save that file using the Render by Attribute tool (in menu under Tools… Structure Analysis); in that dialog’s menu choose File… Save Attributes.  In the attribute-saving dialog you have to specify which attribute you want: “areaSAS” of “residues” (there is also the same attribute name for individual attoms)<br>
<br>
Attribute-saving is described here, in the bottom section of the page:<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/render/render.html#saving" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/<wbr>ContributedSoftware/render/<wbr>render.html#saving</a>><br>
<br>
There is an option to restrict the save to the current selection, if you don’t want the list for all residues.<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> On Jun 22, 2018, at 12:01 PM, Andrew Macrae <<a href="mailto:amacrae@ucsc.edu">amacrae@ucsc.edu</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hello Chimera developers, <br>
> <br>
> I'm trying to calculate sasa scores for a list of individual residues in chimera and cant quite get it. Ive tried commands and the define attribute menu. The command ive been using is <br>
> <br>
> 0.23:23/areaSAS<br>
> <br>
> I've used similar things but I don't know what Im missing. Thanks for any help.<br>
> <br>
> Cheers,<br>
> Andrew MacRae<br>
> UCSC<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>