<div dir='auto'><div dir="auto">I'll try the change, thanks!<br></div><div dir="auto"><br><div data-smartmail="gmail_signature" dir="auto">--<br>Gustavo Seabra<br>Professor Adjunto<br>Departamento de Química Fundamental<br>Universidade Federal de Pernambuco</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">Em 12 de jun de 2018 18:49, Eric Pettersen <pett@cgl.ucsf.edu> escreveu:<br type="attribution" /><blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi Gustavo,<div><span style="white-space:pre">     </span>When defining hydrogen bonds, there are atoms that are clearly good donors or acceptors, and then there are others that could be considered very weak donors or acceptors (<i>e.g.</i> some forms of carbon as a donor).  Neutral <i>sp3</i> sulfur as an acceptor is also such as case.  As per <b>Geometric characteristics of hydrogen bonds involving sulfur atoms in proteins</b> (<a href="https://doi.org/10.1002/prot.22327">https://doi.org/10.1002/prot.22327</a>):</div><div><br /></div><div><span style="white-space:pre">      </span>"<i>It is revealed that sulfur atom is a very poor H‐bond acceptor, but a moderately good H‐bond donor</i>.”</div><div><br /></div><div>We have chosen not to include very weak donors and acceptors in Chimera’s detection of hydrogen bonds.  Nonetheless, if you wish to have Chimera treat neutral <i>sp3</i> sulfur as an acceptor, this can be accomplished with a fairly simple edit of Chimera’s code.  Namely edit the file <i><your Chimera></i>/share/FindHBond/base.py and find the lines that look like this (should be lines 404 and 405):</div><div><br /></div><div>        genericAccInfo['Sar'] = genericAccInfo['S3-'] = (accGeneric,<br />                        _processArgTuple([3.83, 85], distSlop, angleSlop))</div><div><br /></div><div>Below them, add two more lines for the neutral <i>sp3</i> sulfur acceptor:</div><div><br /></div><div>        genericAccInfo['S3'] = (accGeneric,<br />                        _processArgTuple([3.83, 89], distSlop, angleSlop))</div><div><br /></div><div>Maintain the indentation level; indentation is significant in the Python language. If you are using a Mac, then <i><your Chimera></i> is Chimera.app/Contents/Resources.  With those two lines added, Chimera finds two hydrogen bonds involving the sulfur.</div><div><br /></div><div>—Eric</div><div><br /></div><div><span style="white-space:pre">       </span>Eric Pettersen</div><div><span style="white-space:pre">        </span>UCSF Computer Graphics Lab</div><div><div><br /><blockquote><div>On Jun 11, 2018, at 2:30 PM, Gustavo Seabra <<a href="mailto:gustavo.seabra@ufpe.br">gustavo.seabra@ufpe.br</a>> wrote:</div><br /><div><div>Hi there,<br /><br />I’m trying to use the findHBond tool to count Hbonds in a system. However, I noticed ti does not find any HB involving sulfur atoms in my system.<br /><br />I’ve put together a simple example system here to show what I mean. After opening the files, I do:<br /><br />1. Select the ligand (Select > Residue > LIG)<br />2. Tools > Surface/Binding Analysis > FindHBonds<br />3. Find These Bonds: Both<br />4. Relax H-bond constraints: (I tried even relaxing to 1A and 30deg, with no change)<br />5. Select “Only find H-bonds with at least one end selected”<br />6. Hit Apply.<br /><br />Chimera does find some HBonds involving nitrogen and oxygen, but no HBond is found involving the sulfur atom on the ligand, even though there is a serine (Ser525) close enough to make a HBond to the ligand S atom.<br /><br />So, I wonder what I am doing wrong here? Am I skipping any steps? I have checked in a different program (PoseView) and it can find the bond with no problem.<br /><br />Thank you very much,<br /><br />--<br />Gustavo Seabra<br /><6MMPr_1.mol2><receptor.pdb><br />_______________________________________________<br />Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br />Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br /></div></div></blockquote></div><br /></div></div></blockquote></div><br></div>