<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">Works like a charm! :D</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">Thank you!<br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-family:monospace,monospace">--<br>pozdrawiam serdecznie<br>Michał Kadlof <<a href="mailto:m.kadlof@cent.uw.edu.pl" target="_blank">m.kadlof@cent.uw.edu.pl</a>></span><br></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2018-05-23 19:56 GMT+02:00 Eric Pettersen <span dir="ltr"><<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Okay, I can reproduce it now. It’s because the script itself is extremely long.  Chimera is:<div><br></div><div>1) Breaking the script into lines</div><div>2) Looking for lines that start with ‘#<i>frame_number</i>:’ and removing that part</div><div>3) Joining the lines back together</div><div>4) Substituting instances of ‘<FRAME>’ with the current frame number</div><div>5) Handing the result off to the command-script processing code for actual execution</div><div><br></div><div>For a big script, that is slow.  I suggest you put your commands into separate files with the frame number embedded in their names (eg. cmd.457), and change your script to simply be “read ~/cmd_folder/cmd.<FRAME>”.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>—Eric</div></font></span><div><span class=""><br><div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word"><div><span class="m_-8533931453608038024Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>Eric Pettersen</div><div><span class="m_-8533931453608038024Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">    </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div>

</div>
</span><div><div class="h5"><div><br><blockquote type="cite"><div>On May 23, 2018, at 10:28 AM, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br class="m_-8533931453608038024Apple-interchange-newline"><div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Hi Michał,<div><span class="m_-8533931453608038024Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">  </span>We cannot reproduce the slow playback you’re getting with the per-frame cones.  Our guess is that it’s something else with the trajectory that’s problematic.  Does it have a large nucleic acid in it (with abstracted “Nucleotides” depiction?).  Do you have a molecular surface present (even if hidden [check the Model Panel])?</div><div><br></div><div>—Eric</div><div><br><div>
<div style="letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><span class="m_-8533931453608038024Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">     </span>Eric Pettersen</div><div><span class="m_-8533931453608038024Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">    </span>UCSF Computer Graphics Lab</div></div><br class="m_-8533931453608038024Apple-interchange-newline">

</div>
<div><br><blockquote type="cite"><div>On May 23, 2018, at 7:41 AM, Michał Kadlof <<a href="mailto:m.kadlof@cent.uw.edu.pl" target="_blank">m.kadlof@cent.uw.edu.pl</a>> wrote:</div><br class="m_-8533931453608038024Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">Hi,</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">I'm running MD simulation and I would like to display forces vectors "live". My strategy is to run:</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">MD Movie -> PerFrame Script -> In this script create a shape (cone), and update it every frame. I transformed my vectors into ration axis and angle, and run it. However it works extreamly slow, and even lowering quality of cone didn't help. Do you have any clues?</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">Here is how my script looks like:<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">#1: close #1; shape cone radius 0.2 height 3.051701874476991 center :47 divisions 10 color red rotation 1.003198923120698,-0.<wbr>8433298543660601,-0.<wbr>5373867542336597,180<br>#2: close #1; shape cone radius 0.2 height 3.054021942152826 center :47 divisions 10 color red rotation 1.0022878678774028,-0.<wbr>8433406134841704,-0.<wbr>5373745205242975,180</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace">#3 ...</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace"><br></div><div><div class="m_-8533931453608038024gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-family:monospace,monospace">--<br>pozdrawiam serdecznie<br>Michał Kadlof <<a href="mailto:m.kadlof@cent.uw.edu.pl" target="_blank">m.kadlof@cent.uw.edu.pl</a>></span><br></div></div></div></div></div></div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>