<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Roboto;
        panose-1:2 0 0 0 0 0 0 0 0 0;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:#0563C1;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:#954F72;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:Roboto;}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:Roboto;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 104.3pt 1.0in 104.25pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoPlainText">Hi Elaine,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Here's a bit of background: this map is the result of a mapping using H2O as probe done by PLI [1].  I would like to adjust the contour levels to look like the red contour levels in Panel B in the attached figure (figure 4 from [1]). 
 How can I achieve this, or is this not possible in Chimera?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Thanks<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText">Markus<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">[1] Verdonk et al., J. Med. Chem 2016, 59, 6891--6902; DOI: 10.1021/acs.jmedchem.6b00716<o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><img width="1383" height="654" style="width:14.4062in;height:6.8125in" id="Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01D3EC48.52B943B0"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoPlainText">> -----Original Message-----</p>
<p class="MsoPlainText">> From: Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu></p>
<p class="MsoPlainText">> Sent: Tuesday, May 15, 2018 11:06 AM</p>
<p class="MsoPlainText">> To: Markus Heller <mheller@cdrd.ca></p>
<p class="MsoPlainText">> Cc: chimera-users@cgl.ucsf.edu BB <chimera-users@cgl.ucsf.edu></p>
<p class="MsoPlainText">> Subject: Re: [Chimera-users] Volume viewer levels question</p>
<p class="MsoPlainText">> </p>
<p class="MsoPlainText">> Hi Markus,</p>
<p class="MsoPlainText">> The behavior you describe is like entering some value that is higher than what is</p>
<p class="MsoPlainText">> in your map, so there is no contour surface any more.   Then when you move the</p>
<p class="MsoPlainText">> slider, it resets to the maximum value found.  Not sure why you expect higher</p>
<p class="MsoPlainText">> levels, but maybe whatever program that wrote the file didn’t write bigger values,</p>
<p class="MsoPlainText">> or didn’t write the format correctly.</p>
<p class="MsoPlainText">> I hope this helps,</p>
<p class="MsoPlainText">> Elaine</p>
<p class="MsoPlainText">> -----</p>
<p class="MsoPlainText">> Elaine C. Meng, Ph.D.</p>
<p class="MsoPlainText">> UCSF Chimera(X) team</p>
<p class="MsoPlainText">> Department of Pharmaceutical Chemistry</p>
<p class="MsoPlainText">> University of California, San Francisco</p>
<p class="MsoPlainText">> </p>
<p class="MsoPlainText">> </p>
<p class="MsoPlainText">> > On May 15, 2018, at 10:15 AM, Markus Heller <<a href="mailto:mheller@cdrd.ca"><span style="color:windowtext;text-decoration:none">mheller@cdrd.ca</span></a>> wrote:</p>
<p class="MsoPlainText">> ></p>
<p class="MsoPlainText">> > Hi all,</p>
<p class="MsoPlainText">> ></p>
<p class="MsoPlainText">> > I have an issue displaying a map file that I opened using the insightgrid.py</p>
<p class="MsoPlainText">> script.</p>
<p class="MsoPlainText">> ></p>
<p class="MsoPlainText">> > When displaying the grid at the highest level I can get, the levels are still too</p>
<p class="MsoPlainText">> low, but when I set the levels higher by typing something into the level field (e.g.</p>
<p class="MsoPlainText">> 1.2e+03 instead of the 1e+03), the levels disappear altogether as shown in the</p>
<p class="MsoPlainText">> second screenshot.  As soon as I adjust the slider, the levels reset to 1e+03.</p>
<p class="MsoPlainText">> What am I doing wrong?</p>
<p class="MsoPlainText">> ></p>
<p class="MsoPlainText">> > Thanks</p>
<p class="MsoPlainText">> > Markus</p>
<p class="MsoPlainText"><o:p> </o:p></p>
</div>
</body>
</html>