<div dir='auto'>Hi Elaine,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Thank you very much. However, it seems to me that the example you sent is supposed to be used in Chimera's command line, right?</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">I was actually looking for a command I could issue from a shell command line, e.g. from bash, to create the list of hbonds without the need to start the GUI.</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Is there a way to do that?</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">(More precisely, I want to use this command in a pipeline, using KNIME command line node to call it, and then treat the output in sequence.)<br><br>Thanks,<br><div data-smartmail="gmail_signature" dir="auto">--<br>Gustavo Seabra<br>Professor Adjunto<br>Departamento de Química Fundamental<br>Universidade Federal de Pernambuco</div></div></div>