<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I haven't fully formed an opinion yet. The methods in the paper sound pretty interesting (not to mention the title), and it seems to be well cited, too. <span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">It was also used in a </span><a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29242231" style="color:rgb(17,85,204);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255)">recent paper</a><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><span> </span>on TA-protein targeting, which had piqued my interest.</span></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Shyam</div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 9, 2018 at 9:05 AM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Thanks, Shyam!<br>
<br>
If you have any comments about how the scales compare, I’d be interested to hear your opinion.  (If not, no problem… I can see you might be interested in trying it just from reading the paper.)<br>
<br>
Best,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="gmail-m_2432324099759597823HOEnZb"><div class="gmail-m_2432324099759597823h5"><br>
> On Feb 8, 2018, at 6:26 PM, Shyam Saladi <<a href="mailto:saladi@caltech.edu" target="_blank">saladi@caltech.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi all --<br>
> I have put together a Chimera attribute definitions to color residues according to the TM tendency hydrophobicity scale:<br>
><br>
> Zhao and London, Protein Sci 15:8 (2006), doi: 10.1110/ps.062286306<br>
> An amino acid "transmembrane tendency" scale that approaches the<br>
> theoretical limit to accuracy for prediction of transmembrane helices:<br>
> relationship to biological hydrophobicity<br>
><br>
> In case it's helpful to others, it's attached to this message. Perhaps the Chimera team would also be interested in including it with the other scales online as well.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Shyam<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>