<div dir="ltr">Hi all --<div><br></div><div>I have put together a Chimera attribute definitions to color residues according to the TM tendency hydrophobicity scale:</div><div><br></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:small;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">Zhao and London, Protein Sci 15:8 (2006), doi: 10.1110/ps.062286306</span></div><div>An amino acid "transmembrane tendency" scale that approaches the</div><div>theoretical limit to accuracy for prediction of transmembrane helices:</div><div>relationship to biological hydrophobicity</div></blockquote><div><br></div><div>In case it's helpful to others, it's attached to this message. Perhaps the Chimera team would also be interested in including it with the <a href="https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/hydrophob.html">other scales</a> online as well.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Shyam</div><div><br></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>--</div><div><a href="http://shyam.saladi.org" target="_blank">Shyam Saladi</a></div><div>NSF Graduate Research Fellow</div><div>Biochemistry and Molecular Biophysics</div><div>California Institute of Technology</div></div></div></div></div></div></div></div></div>