
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>

</head>

<body fpstyle="1" ocsi="0">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hello,

<div><br>

</div>

<div>I'm using the tool MatchMaker to align different structures. </div>

<div>My reference protein has 3 domains very similar and I would like to show an alignment of other 3 proteins with each one of those 3 domains. The problem is that the 3 protein always align to the same domain (one of the 3, instead of each one with a different

 domain).</div>

<div><br>

</div>

<div>How can I do so I can exclude the part of the protein already aligned in new alignments?</div>

<div><br>

</div>

<div>I hope I explained myself and thank you in advance.</div>

<div>Francisco Benitez.</div>

</div>

</body>

</html>