
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p></p>

<p>I have a structure with two subunits. I am trying to show movement of the C-terminal subunit upon ligand binding by superposition with another structure from the same strain in the apo form. I want to superpose the N-terminal subunits (A), note the RMSD,

 then apply the resulting matrix to the superposition of both subunits of the molecule with both subunits of the other (B),then I want to superpose on the C-terminal subunits (C), and then measure the RMSD between (C) and the C-terminal subunits from (B). How

 can I do this in Chimera? I know how to superpose molecules and calculate the RMSD in Chimera, but I do not know how to apply the resulting matrix from (A) to (B). I tried to save the aligned structures from (A) as a PDB file to check and see if there was

 a matrix in the file, but an error message came up saying that I needed to save the file as $name or $number. I tried to save the file with $ in front of the name, but it didn't work.</p>

<p><br>

</p>

<p>Thanks in advance, </p>

<p><br>

</p>

<p>Amanda Constantinides</p>

<p>Graduate Research Assistant <br>

Georgia State University<br>

</p>

<p></p>

</div>

</body>

</html>