<div dir="ltr">Thank you Elaine and Tom. At least some part of the process can be done with a script. That is good for now. Looking forward to segmenting in ChimeraX. Thanks again<div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 10, 2017 at 5:58 PM, Tom Goddard <span dir="ltr"><<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Soumya,<br>
<br>
  You can set the threshold level of a map (steps 1, 2, 3) with the volume command, for example,<br>
<br>
        volume #0 level 0.011<br>
<br>
As Elaine says there unfortunately is no command to run the Segger segmentation algorithm.  That will be remedied in ChimeraX.  But you can run a little Python script (attached) to do that<br>
<br>
        open segscript.py<br>
<br>
To find the functions called in this script I looked at the Chimera Segger Python code which is part of your Chimera distribution in<br>
<br>
        chimera/share/Segger/segment_<wbr>dialog.py<br>
<br>
or on Mac<br>
<br>
        Chimera.app/Contents/<wbr>Resources/share/Segger/<wbr>segment_dialog.py<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
  Tom<br>
<br>
</font></span><br><br>
<br>
<br>
> On Oct 10, 2017, at 5:33 PM, Elaine Meng wrote:<br>
><br>
> Hi Soumya,<br>
> You can open map data with command “open” and set map contour level(s) with command “volume” (see the “level” option):<br>
> <<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/open.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>open.html</a>><br>
> <<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/volume.html#general" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>volume.html#general</a>><br>
><br>
> However, there aren’t Chimera commands to do the segmentation stuff in your step 3.  Theoretically “everything” could be done in python, but it may be unreasonably difficult and require a lot of programming expertise.  Somebody else would have to comment on that issue.<br>
><br>
> There is a “segment” command, but to my understanding, it works with the output of Segment Map rather than doing the same thing as Segment Map.<br>
> <<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/segment.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>segment.html</a>><br>
><br>
> Best,<br>
> Elaine<br>
> -----<br>
> Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
> UCSF Chimera(X) team<br>
> Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
> University of California, San Francisco<br>
><br>
><br>
>> On Oct 10, 2017, at 5:04 PM, Soumya Govinda Remesh wrote:<br>
>><br>
>> Hello Chimera Developers,<br>
>><br>
>> There is this repeated procedure that I have to do to get a Segmented map from my soft x-ray tomography maps. Here is what I want do:<br>
>><br>
>> 1. open  *mrc<br>
>><br>
>> put the map to Level 0.011<br>
>><br>
>> 2. vop  gaussian  #0 sd 0.005<br>
>><br>
>><br>
>> put Gaussian to 0.011<br>
>><br>
>> 3. Go to: Tools --> Volume Data --> Segment Map<br>
>><br>
>> Segment the gaussian map<br>
>><br>
>> Smoothing step: 1<br>
>><br>
>> Step size: 500 voxels<br>
>><br>
>> Keep only regions at lease: 100 voxels<br>
>><br>
>> Save segments as an .mrc file<br>
>><br>
>> Go to: File (Segment Map) --> Save all regions to .mrc<br>
>><br>
>> Set Segment map to 0.011<br>
>><br>
>> 4. Type: vop subtract #3 #0<br>
>><br>
>> #3 Corresponds with ID# of the segmented .mrc file<br>
>><br>
>> #0 Corresponds with ID# of the original file<br>
>><br>
>> 5. sop split #0<br>
>><br>
>> #0 Corresponds with ID# of the original file<br>
>><br>
>>      • Splits surface into disconnected parts<br>
>> The steps in bold are in command line. Is there anyway to have everything in a script format? Setting the levels, opening segmentation and setting values to specific Voxel values every time is quite time consuming. I would appreciate your help. Thanks<br>
><br>
><br>
> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Chimera-users mailing list: <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> Manage subscription: <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
><br>
<br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Soumya Govinda Remesh, Ph.D.<div><span style="font-size:12.8px">Postdoctoral Fellow at Advanced Light Source</span></div><div>SIBYLS group: <a href="http://sibyls.als.lbl.gov/" target="_blank">http://sibyls.als.lbl.gov/</a> <br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Lawrence Berkeley National Laboratory</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">1 Cyclotron Road   MS 6R2100</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Berkeley, CA 94720</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">(phone) </span><a href="tel:510-495-8179" value="+15104958179" style="color:rgb(17,85,204);font-size:12.8px" target="_blank">510-495-8179</a><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">(cell) 804-402-8730</span></div><div><br style="font-size:12.8px"><a href="mailto:sgremesh@lbl.gov" target="_blank">sgremesh@lbl.gov</a><br><div><br></div></div></div></div></div></div>
</div>