Dear Dr. Elaine<br><br>Thanks! But I want to see protein and ligand (peptide) structure. I could not see ligand, the display shows only protein structure. <br>The file I enclosed is docked result. Instead of ligand there is a dotted line in between the protein.....I could not see this before.<br><br>The attachment file has (2 to 195 protein) and (1-7 peptide). I can see the individual structure in separate file but I could not see in same pdb file (docked result). <br><br>The tutorial is not helping to fix the issue<br><br>Please make me clear!<br><font size="2" color="#000080"> </font><br><font size="2" color="#000080"></font><div><div style="color:#909090;font-family:Arial Narrow;font-size:12px">------------------</div><div style="font-size:14px;font-family:Verdana;color:#000;"><div>
<div dir="ltr"><b style=" FONT-SIZE: small ; ;  "><font face="Verdana" size="2">Sincerely</font></b></div>
<div dir="ltr"><font size="2"><span style="COLOR: rgb(0,0,255)"><b>Dr. Gurudeeban Selvaraj, Ph.D.</b></span><br><font color="#000000">Postdoctoral Researcher<br></font>Center for Food Science and Technology<font color="#000000"><br>School of Chemical Engineering and Environment </font></font></div><font size="2">
</font><div dir="ltr"><font size="2" color="#000000">Henan University of Technology, Zhengzhou, China</font></div><font size="2">
</font><div dir="ltr"><font size="2"><span style=" FONT-SIZE: 12px ; ; ;  ">Mobile: +86 1883 800 2927; </span><span style=" FONT-SIZE: 12px ; ; ;  ">+91 84890 55578  <br>ORCID:http://orcid.org/0000-0002-7223-3853<br></span></font></div><font size="2">
</font><div dir="ltr"><font size="2"><span style=" FONT-SIZE: 12px ; ; ;  ">Residence: </span><span style=" FONT-SIZE: 12px ; ; ;  ">Room No. 503, Foreign Teacher's Apartment, </span><span style=" FONT-SIZE: 12px ; ; ;  ">University Garden, Lianhua Street No. 50, Hi-Tech development Zone, Zhengzhou, 450001, China</span></font></div>
<div dir="ltr"><br></div></div></div></div><div> </div><div><div><br></div><div><br></div><div style="font-size: 12px;font-family: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ Original ------------------</div><div style="font-size: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div><b>From: </b> "meng";<meng@cgl.ucsf.edu>;</div><div><b>Send time:</b> Sunday, Oct 1, 2017 1:28 AM</div><div><b>To:</b> "Gurudeeban Selvaraj"<gurudeeb99@qq.com>; <wbr></div><div><b>Cc:</b> "UCSF Chimera Mailing List"<chimera-users@cgl.ucsf.edu>; <wbr></div><div><b>Subject: </b> Re: [Chimera-users] Query (how to find H-bonds)</div></div><div><br></div>Dear Dr. Selvaraj,<br><br>Probably you just need to display the atoms, command ˇ°displayˇ± or menu: Actionsˇ­ Atoms/Bondsˇ­ show.<br><br>This is just a general part of using Chimera.  I recommend going through the ˇ°Getting Startedˇ± tutorial to become more familiar with the program:<br><br><http://www.rbvi.ucsf.edu/Outreach/Tutorials/GettingStarted.html><br><br>Good luck,<br>Elaine<br>-----<br>Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>UCSF Chimera(X) team<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br>> On Sep 30, 2017, at 4:57 AM, Gurudeeban Selvaraj <gurudeeb99@qq.com> wrote:<br>> <br>> Dear Dr.Elaine,<br>> <br>>           Thanks for the information. It is working now but some of them I could not see hydrogen bonds (Intra). Now I could not see the ligand structure of the docked result in Chimera.<br>> <br>> I have enclosed file and snap shot of my issue. Let me know, what will do?<br>> <br>> <3_8_sol_3.ref.pdb><image.jpg><br><br><br><br><br><br><br></div>