<div dir="rtl"><div dir="ltr">Hello,</div><div dir="ltr">I am currently studying the connection between density maps and the secondary structure elements.</div><div dir="ltr">I have a density map file for a certain protein, giving for each voxel a density value, and what I am missing is a "helix map", giving a binary value for each voxel, representing wether it is a part of a helix or not.</div><div dir="ltr">In order to build this "helix map", I need to use the .pdb file of that protein, but I am not really sure how to extract an appropriate 3D boolean matrix out of this file.</div><div dir="ltr">Any suggestions would be greatly appreciated.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Thanks</div><div dir="ltr"><br></div></div>