<div dir="ltr">Thanks, I'll try it.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 10, 2017 at 5:58 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Milo,<br>
In your command script, include the “addh” and “addcharge” commands (with whatever options you want) before the “minimize” command, instead of having the minimization call these steps.   You want the addcharge option “method gas”, see:<br>
<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/addh.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>addh.html</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/addcharge.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/UsersGuide/midas/<wbr>addcharge.html</a>><br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
> On Aug 10, 2017, at 1:35 PM, Milo Westler <<a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu">milo@nmrfam.wisc.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> We are trying to automate the minimization of a series of compounds using the system command line. Since we have quite a few compounds, we are interested in using the Gasteiger method for assigning charges. The command line minimize includes the AM1-BCC method.. Is there a way to run an automatic minimization using the Gasteiger method?<br>
><br>
> Currently we use:<br>
> chimera --nogui --silent R.mol opt.cmd<br>
><br>
> Where opt.cmd is:<br>
> minimize<br>
> write #0 R_min.pdb<br>
><br>
> --<br>
> -- Milo<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">-- Milo<br>===================================================<br>National Magnetic Resonance Facility at Madison<br>      An NIH-Supported Resource Center<br><br>W. Milo Westler, Ph.D.<br><br>NMRFAM Director<br>Senior Scientist<br>       and<br>Adjunct Professor<br>Department of Biochemistry<br>University of Wisconsin-Madison<br>DeLuca Biochemistry Laboratories<br>433 Babcock Drive<br>Rm B160D<br>Madison, WI USA 53706-1544<br>EMAIL: <a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu" target="_blank">milo@nmrfam.wisc.edu</a><br>PHONE: (608)-263-9599<br>FAX: (608)-263-1722<br>======================================================================= ========</div></div>
</div>