<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>We are trying to automate the minimization of a series of compounds using the system command line. Since we have quite a few compounds, we are interested in using the Gasteiger method for assigning charges. The command line minimize includes the AM1-BCC method.. Is there a way to run an automatic minimization using the Gasteiger method?<br><br></div>Currently we use:<br></div>chimera --nogui --silent R.mol opt.cmd<br><br></div>Where opt.cmd is:<br></div>minimize<br></div>write #0 R_min.pdb <br clear="all"><div><div><div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">-- Milo<br>===================================================<br>National Magnetic Resonance Facility at Madison<br>      An NIH-Supported Resource Center<br><br>W. Milo Westler, Ph.D.<br><br>NMRFAM Director<br>Senior Scientist<br>       and<br>Adjunct Professor<br>Department of Biochemistry<br>University of Wisconsin-Madison<br>DeLuca Biochemistry Laboratories<br>433 Babcock Drive<br>Rm B160D<br>Madison, WI USA 53706-1544<br>EMAIL: <a href="mailto:milo@nmrfam.wisc.edu" target="_blank">milo@nmrfam.wisc.edu</a><br>PHONE: (608)-263-9599<br>FAX: (608)-263-1722<br>======================================================================= ========</div></div>
</div></div></div></div></div></div></div></div>