<font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2">Dear chimera users,<br>I was wondering if you could help me automate the following procedure in order to batch process all my tomograms.<br>What I want to do is to open a segmented tomogram, apply parameters like surface, the step size (1 of 8) to increase the connectivity of what has been segmented, to hide the dust (size: 50) and to threshold the tomogram to 0.5. Afterwards I would select all remaining objects and open a script to invert the surface and execute "mask #0 sel invert true" using the command line in chimera to substract the background from the tomogram. Finally I would save this as new map.<br>Can anyone help me with the commands I have to write in the Terminal to iterate through 200 tomogram folder and automate and batch process this.<br>Best<br>Yagmur Turgay<br><div></div></font>