
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Hello, <div class=""><br class=""></div><div class="">I am trying to use morph interpolate on two (for this post) PDBs (I2.pdb and I3.pdb, attached) but something peculiar is happening. The Hydrogen on the HIS 1082 (N1) does a ‘cork-screw’ like movement. Essentially, instead of interpolating directly from position A to B, it is taking a more round-about angle. A similar movement is observed for the O3 in the T1 O ligand. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">This problem has come up recurrently in my work and I am yet to find a solution. I have used most of the options that apply on morph interpolate that are mentioned on the chimera website without much improvement. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">I am using Maestro by Schrodinger to model my structures. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Please find attached I2.pdb , I3.pdb and mov_all.pdb. mov_all.pdb is the trajectory file, works on Pymol (I am attaching a pymol script called auto-script.pml as well for selection of the correct residues, and a reasonable representation). The chimera interpolation script is also attached. </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks! </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Souro </div><div class=""><br class=""></div><div class=""></div></body></html>