<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">Hello,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">I want to search whether my models are close enough to be exactly apart from each other by the distance I specify.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">findClash appear to be tailor-made for the exact task I was hoping to do, but unfortunately, it appear to only search nearby atoms, not the links, even if I select the entire model which has both markers and links incorporated as its component.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">The only way that I can make my entire MarkerSet to be competent for findClash was to use Tom's <i>dividelinks.py</i>¬†script (<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/attachment/wiki/Scripts/dividelinks.py">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/attachment/wiki/Scripts/dividelinks.py</a>) to add <i>n</i> number of marker s along the link of two marker that I selected.</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Q1. Can I ever specify MarkerSet Link by <i>atom-spec </i>commands, to use findClash on the inter-model links as well, not only for the markers?</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Q2. Is there any other function than findClash that allow me to find any inter-model (never atoms within the same model) atom or link's distance that I specify exist?</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Best,</div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Jun Ha Song.</div></div>